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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/03/2016 |
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Data da última atualização: |
10/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, UEL; OSVALDO REIS JÚNIOR, UNICAMP; SUZANA TIEMI IVAMOTO, UEL/IAPAR; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR/UNESP; MARCELO FALSARELLA CARAZZOLLE, UNICAMP; GONÇALO AMARANTE GUIMARÃES PEREIRA, UNICAMP; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications. MenosStudies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Differentially expressed genes; Gene annotation; Homeologous; RNA-seq. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140757/1/Transcriptome-analysis-in-coffea.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
10/10/2007 |
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Data da última atualização: |
06/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LANA, R. de P.; CAMARDELLI, M. M. L.; RODRIGUES, M. T.; EIFERT, E. da C.; OLIVEIRA, M. V. M. de; STRADIOTTI JÚNIOR, D.; OLIVEIRA, J. S. de. |
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Afiliação: |
ROGÉRIO DE PAULA LANA; MAÍRA MACHADO LEAL CAMARDELLI; MARCELO TEIXEIRA RODRIGUES; EDUARDO DA COSTA EIFERT, CNPAF; MARCUS VINÍCIUS MORAIS DE OLIVEIRA, UEMS; DEOLINDO STRADIOTTI JÚNIOR, UFES; JULIANA SILVA DE OLIVEIRA. |
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Título: |
Óleo de soja e própolis na alimentação de cabras leiteiras: consumo de matéria seca e de nutrientes e parâmetros de fermentação ruminal. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Zootecnia, v. 36, n. 1, p. 191-197, jan./fev. 2007. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1590/S1516-35982007000100023 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Objetivou-se avaliar a inclusão de níveis crescentes de óleo de soja (0; 1,5; 3,0; 4,5; 6,0; e 7,5% da MS), extrato etanólico de própolis (0; 1,0; 2,0; 4,0; 8,0 e 12,0 mL/animal/dia, 50% p/v de própolis moída em solução alcoólica a 70% em água) e própolis bruta moída (0; 0,5; 1,0; 2,0; 4,0 e 6,0 g/animal/dia) na alimentação de cabras leiteiras. Avaliaram-se o consumo de MS e de nutrientes e alguns parâmetros de fermentação ruminal, como pH, amônia (NH3), ácidos graxos voláteis (AGV) e atividade específica de produção de amônia (AEPA) pela microbiota ruminal. Foram utilizadas seis cabras Alpinas fistuladas no rúmen, em seis períodos experimentais. As dietas foram compostas de 67% de silagem de milho e 33% de concentrado à base de fubá de milho e farelo de soja. Os animais foram submetidos ao tratamento controle e, em seguida, a cinco níveis crescentes de óleo de soja, extrato etanólico de própolis e própolis bruta moída utilizando-se dois animais para cada produto testado, em seis períodos experimentais. Não houve efeito de níveis de óleo de soja, extrato etanólico de própolis e própolis bruta moída sobre o consumo de MS e de nutrientes e sobre os parâmetros ruminais estudados. Sugere-se, no entanto, a realização de mais pesquisas com a adição de própolis na alimentação de ruminantes, pois existem efeitos antimicrobianos comprovados in vitro e evidências de que seu fornecimento a esses animais reduz a relação acetato:propionato e a concentração de butirato no rúmen. |
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Palavras-Chave: |
Ácidos graxos voláteis; Caprinos; Óleo de soja. |
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Thesagro: |
Amônia; Cabra Leiteira; Nutrição Animal; Ph. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/215818/1/rbz-v36-2007.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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